La chiesa di San Timoteo è situata nel centro storico di Ploaghe, nel rione che anticamente si chiamava su Quirriu de Santu Timidei.
Fu ricostruita, sulle rovine di una precedente omonima chiesa, verso la metà del secolo XVII, desumibile dal fatto che nel 1553, durante la visita pastorale del Monsignor Alepus, l’arcivescovo di Sassari, che con l’intento di applicare le riforme già emanate dal Concilio di Trento, negli anni 1553-1555 intraprese una visita pastorale nei Capitoli dipendenti dalla Diocesi turritana, si benedisse un’immagine di San Timoteo, designata, forse, ad una chiesa già esistente in quel luogo. Si hanno attestazioni a partire dal 1643, quando Vincenzo Riqueri, rettore di Ploaghe, versò una cospicua somma di denaro per il trasporto di un centinaio di carri di sabbia per il rifacimento dei muri della chiesa (Spanedda, 1989), nel 1655, quando tra lo stesso rettore Riqueri e Joe Fadda Chessa si predispose un lascito per completarne la edificazione (Spanedda, 1989); nel 1688, quando il Vescovo Morillo, visitatore e inquisitore del Santo Ufficio del Regno di Sardegna, giunto a Ploaghe, osservò che le rendite degli anni 1686-1687 erano state destinate al completamento della travatura, al portone della chiesa e per l’acquisto di alcune suppellettili (Spanedda, 1989); e nel 1706, quando il 30 marzo, il monsignor Giuseppe Siccardo, durante la sua visita pastorale, ordinò il restauro dei muri della chiesa (Spanedda, 1989).
Il 24 gennaio 1850 il Consiglio, e la Giunta Comunale di Ploaghe, si riunirono nella chiesa di San Timoteo per mancanza di casa comunale.
Ulteriori notizie si hanno, per il 1869, nella cosiddetta “Pratica Magliona”. Si tratta di un processo verbale di collaudo, relativo ai lavori eseguiti dall’impresario Mastro Gavino Magliona, per la lastricatura e la costruzione di selciati nella strada Lunga (l’attuale via Roma), e di quattro traverse conducenti allo stradone, ed altre opere di miglioramento nell’abitato di Ploaghe, di cui è conservato il riporto totale:
Demolizione muri, orto Congiatu , muro di Fiori e trasporto rottami.
Demolizione gradinata chiesa Valverde, e per l’apertura di una finestra nella chiesa di S. Timoteo.
Ricostruzione di detti muri con cemento di luto intonaco compreso.
Ricostruzione del gradinato con pietra da taglio riadattato all’uso.
Lavagna per la soglia della chiesa di Valverde.
Muratura in cantoni pell’apertura della finestra nella chiesa di San Timoteo e per il rinnovo al gradinato.
Concime scavato e trasportato fuori paese come da medie misure prese in diversi siti, e maggiormente nella contrada sopra e sotto riva del dottor Camboni.
Calzatura muri ove si operano forti scavi.
Totale avere dell’impresa: 4320,94
Da questo documento si desume che la chiesa in quegli anni doveva essere in possesso del Comune.
La struttura architettonica è ad una sola navata, di piccole dimensioni, con copertura, ed è priva di sacristia. Il campanile è modesto e a vela. All’interno è presente un altare in legno dorato e intarsiato.
La chiesa, più volte interdetta al culto, fu adibita ad usi diversi: dal 1823 e per circa quaranta anni, divenne una delle sedi della scuola Normale, nel 1904 sede della società dei quadrupedi e del veterinario comunale.
Nel 1930, con donazione dei coniugi cavalier Giovanni Maria Pulina e Chiara Spanu, fu possibile rifare la facciata come risulta dall’iscrizione su una lastra di marmo che sormonta il portone. Attualmente la chiesa è adibita a sala parrocchiale.